1873年11月4日，马文禄单独来到左宗棠的大营投降。左宗棠当面告诉他：他可以投降，但他不会得到宽恕。接着，左宗棠命令所有甘州、西宁、河州与陕西的回民出城，把他们分派到不同的堡垒中。他从这些回民中选出1573名较为勇健的男人，下令处死。马文禄及其他8名被认定为首领的回民，被处以程度较轻的磔刑。11月12日，左军开进肃州，屠杀了4000回民。900名老人和妇孺留下了性命。①以上的数据都是《年谱》提供的，但人们普遍认为死于肃州的回民人数超过了这些保守的统计。《年谱》作者说先前有3万名非回族中国人住在肃州，但在该城易手时只有1100人离开。所有活着的造反者被运送到甘肃东部，没有一个回民留在肃州。
那时候长城是甘肃的北部疆界，末端是肃州以西约20英里的嘉峪关。往北就是蒙古，而嘉峪关以西是新疆。随着左军攻占肃州，陕甘的回民造反运动落下了帷幕。左宗棠曾于1868年9月25日向慈禧太后奏答，他需要5年时间平定陕甘，看来当时他的猜想非常接近实际。他于1868年11月26日抵达西安，从那时起直到1873年11月12日最后战胜肃州的回民，只比他估计的时间少了两周。
