《教育规划纲要》提出教育经费的管理要推行全面预算管理，建立科学化、精细化预算管理机制，科学编制预算，提高预算执行效率与公共财政预算的改革方向是一致的，也符合教育改革发展的内在需要。这种全面预算管理应包括对教育事业发展规划、预算资金安排、基本建设项目、固定资产管理、对外投资、审计监督、绩效考核等经济活动各个方面，也包括对学校层面的财务活动全方位、全过程和全员的整合性管理。从学校层面看，应加强统一领导和管理，将学校全部收入纳入预算管理，建立与公共财政体制和现代化学校制度相适应的、以标准定额为基础，以工作计划、任务和工作量为依据，按每个单位、每个人、每个项目和每个团队核定预算，并将预算执行与工作情况作为考核内容的新型预算管理方式，使预算安排更科学，经费使用更加追求效益。
（三）设立高等教育拨款咨询委员会，增强经费分配的科学性
高等教育经费主要包括教育事业拨款、基建拨款（含教育基建和部门基建支出中用于学校的经费）、科研经费拨款、其他经费拨款（包括专项拨款和非专项拨款）四大项。在2007年政府新的收支分类改革后，政府教育经费支出按活动将人员经费和公用经费合在一起统称为基本支出，原来的基建支出和一些专项支出统称为项目支出。
